#!/usr/bin/perl -w
#
# Script para ler um arquivo do tipo Gipo (ou GAL) com as descrições
# de quais seqüências de cDNA estão em cada spot.
# 
# Uso:          gipo_parser.pl lamina gipo_file.txt 
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use DBI;

($lamina,$filename) = ($ARGV[0],$ARGV[1]);

unless (defined($lamina) && defined($filename)) {
  die("  use:\n    gpr_parser.pl lamina filename\n");
}

$dbh = DBI->connect('DBI:mysql:microarray','mentus','kafka')
        || die('Couldn\'t connect to MySQL server.');


open(GIPO,$filename) || die("Not able to make filehandle: $!\n");

$q = "CREATE TABLE $lamina (block_number INT(5),block_row INT(5),block_column INT(5),row INT(5),colum INT(5),gene_id CHAR(8),description VARCHAR(150),ncbi VARCHAR(65),PRIMARY KEY(block_number,row,colum))"; 
$ctr = $dbh->prepare($q);
$ctr->execute;

while ($inp = <GIPO>) {
   chomp($inp);
   @vec = split(/\t/,$inp);
   foreach $value (@vec) {
     if ($value =~ m/\t/) {
      warn('Suspicious GIPO. Parsing may be incorrect');
    }
       $value =~ s/"+//g;
       if ($value eq '') {
         $value = 'NULL'
      }
   }

  $block_number = $vec[1]+($vec[0]-1)*4;
  unshift(@vec,$block_number);

  
  for ($i=5;$i<=7;$i++) {
     if ($vec[$i] =~ m/^\s+$/) {
	$vec[$i] = 'NULL';
     }
     else {
        $vec[$i] =~ s/^\s+//;
        $vec[$i] =~ s/\s+$//;
        $vec[$i] =~ s/,/\\,/g;
        $vec[$i] =~ s/\(/\\(/g;
        $vec[$i] =~ s/\)/\\)/g;
        $vec[$i] =~ s/'/\\'/g;
        $vec[$i] = "\'$vec[$i]\'";
     }
  }

  $vec = join(',',@vec);

  $q = "INSERT INTO $lamina VALUES($vec)";

  #print $q . "\n";

  $ins = $dbh->prepare($q);
  $ins->execute;


}